Ruolo di ricercatore al San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (TIGET)

Febbraio 2013

Da Febbraio 2013 lavoro come ricercatore al TIGET. L'Istituto San Raffaele Telethon per la Terapia Genica (TIGET) è stato creato nel 1995 come joint-venture tra l'Istituto Scientifico San Raffaele e la Fondazione Telethon per la realizzazione della ricerca di base e clinica per le malattie genetiche. L'istituto è all'avanguardia nel campo della terapia genica-cellulare e promuove la trasformazione di scoperte fondamentali in progressi terapeutici. I progetti di ricerca spaziano da studi di base che mirano a:

identificare le basi genetiche delle malattie ereditarie;

sviluppare nuove tecnologie di trasferimento genico per una più efficiente e sicura modifica genetica di cellule bersaglio,

stabilire procedure per l'isolamento, il trasferimento genico e il trapianto di cellule staminali;

modulare la risposta immunitaria ai prodotti genici e cellulari per migliorare l'efficacia e la stabilità della terapia, per studi pre-clinici testare le strategie terapeutiche sperimentali in modelli di malattia e, infine, la creazione di studi clinici di nuove terapie in pazienti umani.

Tesi Laurea Magistrale: Modellazione dinamica e strumenti per la valutazione sperimentale del comportamento della via EGFR-IGF1R per la linea cellulare H1650

Novembre 2012

Dopo aver effettuato il tirocinio di Systems Biology nei mesi Novembre-Febbraio 2012, mi sono messo a lavorare alla mia tesi di Laurea, continuando il progetto iniziato nel periodo di training. Terminato l'algoritmo di quantificazione automatica del Western Blot, il lavoro è stato incentrato sulla specializzazione del modello generale EGFR-IGFR sviluppato dal team del Prof. Valigi, in particolare dall'Ing. Fortunato Bianconi [Computational model of EGFR and IGF1R pathways in lung cancer: A Systems Biology approach for Translational Oncology, Biotechnology Advances, 2011]. Sono state dunque modellate le mutazioni della linea cellulare in esame, l'H1650, e implementate le equazioni differenziali del modello completo tramite MATLAB. E' stato quindi validato il modello con gli esperimenti, quindi la quantificazione, del WB, a conclusione del lavoro.
Qui metto solo l'indice e la presentazione.

Training in Systems Biology

Febbraio 2012

Da Novembre 2011 a Febbraio 2012 ho svolto il tirocinio presso il Dipartimento di Ingegneria Informatica ed Elettronica di Perugia (DIEI) e il laboratorio di Biologia Molecolare del reparto di Oncologia Medica presso l’Ospedale Santa Maria della Misericordia di Perugia.
Il periodo di tirocinio, durato circa tre mesi, è stato proficuo, sotto molti punti di vista. A parte un interesse di base alla materia, che avevo prima di iniziare questo lavoro, lo studio e l’approfondimento delle tematiche base della Systems Biology non hanno fatto altro che aumentare la mia passione per questa nuova materia, purtroppo ancora poco conosciuta nei corsi di ingegneria, almeno qui in Italia. Il lavoro di tirocinio ha seguito i questi passi:

Studio delle necessarie basi di biologia la materia, inutile dirlo, è tra l’ingegneria e la medicina, quindi ovviamente per un ingegnere che non ha padronanza della medicina (in particolare della biologia), è obbligatorio uno studio dei processi cellulari di base, del DNA, della sintesi delle proteine e dei tumori in questo caso.

Introduzione alla Systems Biology lo studio vero e proprio dei concetti che sono alla base della materia, attraverso libri e articoli scientifici. Per agevolare la comprensione sono state anche fatte simulazioni di reti di segnalazioni note in letteratura e di modelli matematici.

Attività di progetto parte operativa del tirocinio, non prevista in principio. Grazie alla collaborazione con l’ospedale di Perugia, in particolare grazie al supporto del laboratorio di biologia molecolare, è stato possibile sfruttare l’attività di ricerca con il nostro dipartimento (DIEI) per creare un algoritmo MATLAB per automatizzare il processo di quantificazione del western blot.

Per chi fosse interessato, ecco la presentazione in beamer della relazione finale. E' disponibile anche la versione estesa, 120 pagine, della relazione finale.